Ako dieťa boli Orochimaru a dvaja členovia jeho tímu (Jirayia a Tsunade) žiakmi Tretieho Hokagea. Pre svoje schopnosti dostali od Hanza označenie “Traja legendárni ninjovia” (Densetsu no Sannin), pretože dokázali prežiť v boji s ním. Orochimaruovi rodičia zomreli, keď bol malý a nechali ho, aby sa staral sám o seba po celý svoj život. Keď si ho zobral ako študenta Tretí Hokage, objavil Orochimaruov prirodzený talent, avšak aj zlomyseľnosť a silnú túžbu po moci.

Rozhodol sa tieto zlé vlastnosti ignorovať dúfajúc, že ich dokáže potlačiť. Navzdory tomuto Orochimaru vždy ukazoval svoju zlú stránku a ambície a začal sa na ne sústreďovať hneď po tom, čo opustil Tretieho stranu.

Cez ďalšie roky sa Orochimaru snažil dosiahnuť nesmrteľnosť a chcel svoj život zasvätiť tomu, aby sa naučil každé jutsu, ktoré existuje. Pre splnenie oboch cieľov začal tajne robiť experimenty na dedinčanoch, aby predĺžil svoj život a tiež aby našiel spôsob, ako sa naučiť aj jutsu, pre ktoré nemal vlohy a schopnosti. Pri tom všetkom sa snažil aj stať sa Hokageom, avšak jeho osobné názory a neschopnosť ho viedli k tomu, že musel tento titul prenechať Jiraiyovmu študentovi - Namikaze Minatovi. Po tom, čo mu bol zobraný jediný dôvod, prečo byť oddaný Konohe, prestal Orochimaru toľko tajiť svoje experimenty a únosy na toľko, že Tretí zistil, čo Orochimaru tajne robí. Po tom, čo ho odhalil, mal šancu ho zabiť, ale nedokázal to a Orochimaru utiekol. Jiraiya ho našiel a zmýšľajúc o ňom ako o blízkom priateľovi sa ho snažil presvedčiť, aby sa vrátil. Avšak Orochimaru odmietol a otočil sa tak navždy k svojmu bývalému domovu, ktorý nenávidel a chcel ho zničiť.

Keďže Orochimaru opustil Konohu, pridal sa k organizácii Akatsuki, kde bol pridelený do tímu so Sasorim. Čo robil, keď bol členom organizácie nie je známe, ale vie sa, že sa pokúsil zmocniť sa tela Uchiha Itachiho, aby získal Sharingan. Itachi bol však silnejší a behom súboja mu pomocou Sharinganu odsekol ľavú ruku. Ako výsledok tohto prehratého súboja Orochimaru opustil Akatsuki spolu so svojim prsteňom a knihou, obsahujúcou všetky tajomstvá tejto organizácie. Od tej chvíle po ňom išla aj Akatsuki. V ten istý čas naňho Sasori nastražil špeha - Yakushi Kabuta, so špeciálnym úmyslom dostať späť prsteň. Avšak Orochimaru si to čoskoro všimol a získal Kabuta na svoju stranu. Orochimaru sa zmocnil Krajiny ryže (Country of Rise), kde založil svoju vlastnú ninjovskú dedinu Otogakure, preplnenú ninjami, ktorí k nemu prejavovali veľkú lojálnosť. Tiež vybudoval rad tajných základní po celom svete, medzi ktorými sa stále presúval.

Orochimaru neskôr presvedčil Sunakagure (Piesočnú dedinu), aby sa k nemu pridala a napadli spoločne Konohu. Keďže nepotreboval žiadneho partnera, Orochimaru zabil Štvrtého Kazekageho a zobral na seba jeho podobu, aby vytvoril ilúziu, že Kazekage súhlasí s inváziou do Konohy. Po tom ako invázia začala, Orochimaru prenikol do Konohy, aby otestoval schopnosti Uchiha Sasukeho, mladšieho brata Itachiho a jeho poslednej nádeje získať Sharingan. Po krátkej zrážke so Sasukem ho označil Prekliatou pečaťou nebies (Cursed Seal of Heaven) dúfajúc, že raz prinúti Sasukeho, aby sa k nemu pridal.

Mesiac po tom, čo začala invázia, Orochimaru vyprovokoval súboj s Tretím Hokageom. Behom súboja oživil telá Prvého a Druhého Hokage, aby mu v boji pomohli. Tretí bol schopný ho zabiť, avšak za cenu, že pri tom zomrie aj on. Pokúsil sa o to, dúfajúc, že tak napraví chybu, ktorú kedysi spravil. Tretieho technika zničila Orochimaruove ruky, ale bol slabý na to, aby ju dokončil a zomrel. Orochimaru s nimi už nebol schopný vykonať žiadne jutsu a bol nútený odvolať inváziu a utiecť.

Orochimaru nebol schopný svoje ruky vyliečiť a navyše mu nedokončené jutsu spôsobovalo hroznú bolesť, a tak vyhľadal bývalú členku svojho tímu Tsunade a navrhol jej, že oživí jej mŕtveho brata a priateľa, ak mu za to uzdraví ruky. Tsunade však odmietla a miesto toho ho napadla a Orochimaru bol nútený znovu utiecť.

Konečne sa rozhodol využiť Sasukeho a poslal štvoricu ninjov, aby ho presvedčili a doviedli k Orochimaruovi, ktorý by jeho telo ovládol. No Sasukeho transport trval príliš dlho a Orochimaru bol nútený vziať si iné telo. Uväznený v tomto tele na ďalšie 3 roky, Orochimaru trénoval Sasukeho, aby z neho spravil ideálne telo až do chvíle, kým sa ho znovu pokúsi ovládnuť.

Po dvoch a pol rokoch Orochimarua jeho nové telo sklamalo, a bol nútený začať sa zamýšľať nad prevzatím kontroly nad Sasukeho telom. Sasuke však využil Orochimaruovej slabosti a zaútočil ako prvý. Zatlačený do kúta začal Orochimaru s transformačným procesom, no Sasuke ho zastavil tak, ako pred rokmi Itachi. Pomocou Sharinganu Sasuke otočil dimenziu vytvorenú Orochimaruom kompletne proti nemu. Keď sa neskôr Kabuto Sasukeho spýtal na Orochimaruov osud, Sasuke vysvetlil, že namiesto toho, aby Orochimaru prebral vládu nad jeho telom, prebral Sasuke vládu nad telom Orochimarua a tým získal schopnosť rýchlejšieho uzdravovania ako aj ovládania hadov.

Keď si celý svet myslel, že Orochimaru je mŕtvy, začal Kabuto skúmať zbytky jeho tela a následne ich vložil do seba, aby zo seba spravil bytosť ešte silnejšiu, ako bol Orochimaru. Avšak, ako následok tohoto experimentu, sa začal “Orochimaru” postupne pomaly zmocňovať Kabutovho tela.

• Pozícia: Sannin
• Vek: 51; Shippuuden – 53
• Učiteľ: Tretí Hokage
• Tím: Tím Sarutobi (Tretí Hokage, Orochimaru, Jiraiya, Tsunade